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崇祯四年八月，清军在大凌河包围了祖大寿，祖大寿粮尽援绝，十月弃城投降清军，自己逃回锦州。

大凌河之战，明军损失很大，而更坏的影响却发生在千里之外的吴桥，就是很有名的“吴桥兵变”，也算是蝴蝶效应在历史上的经典表现。

当初毛文龙被杀之后，他的一些部将渡海前往登州，投奔登莱巡抚孙元化，其中毛承禄被任命为副将，孔有德、耿仲明为游击将军，李九成为偏将。

大凌河被包围时，孙元化按照兵部的命令，派孔有德率兵渡海，到营口一带登陆，袭扰皇太极的后路，策应祖大寿。

孔有德知道这种做法太凶险，坚持要走陆路，于是和李九成的儿子李应元率领一千人马，十月份才出发。实际上，这时候再发援兵，对大凌河的祖大寿已经毫无意义。

孔有德在路上磨磨蹭蹭，花了一个月的时间才走到吴桥，所以，说他“星夜驰援”，并不准确。

结果因为一点小事，在吴桥引起了士兵哗变。最初，孔有德是被士兵挟裹而起兵，他的一千人马在清军面前可以忽略不计，但是面对毫无戒备的内地郡县，却是可怕的虎狼之师。他们先后攻陷陵县、临邑、商河、齐东、青城、新城等六城，再向东杀回登州。

此时孔有德已经假戏真作，真的反了。官军方面主要有两股力量，一是山东巡抚余大成，一是登莱巡抚孙元化。

孙元化是徐光启的学生，精能西洋大炮的铸造和使用，曾经辅助袁崇焕，后来升任山东右参议，再升为登莱巡抚。孙元化曾在宁远等地任职，所以他的部众当中，辽东人的比重很大。

明军围剿孔有德的过程，充分暴露了文武官员的腐败无能，我们只简单说一下中间的过程。

最初，余大成和孙元化都主张招抚叛军。当年年底，孔有德杀到登州城下，城外官兵中的许多辽人投降，潜入城中。城里的耿仲明等人里应外合，崇祯五年正月，登州陷落。总兵官张可大战死，孙元化自杀不成，被俘，余大成逃往莱州，被革职。

孔有德推举李九成为首领、自己和耿仲明为副手，又率军进攻莱州。新任山东巡抚徐从治、登莱巡抚谢琏 、总兵官杨御蕃等人率军守城。

这期间，朝廷从山东、保定、天津等地调集军队前去围剿，都被打败。又调蓟门、四川、昌平、密云等处兵将增援，也是损兵折将。这期间，徐从治死于炮火，谢琏被俘。

崇祯皇帝大怒，把主张招抚的官员革职，崇祯五年八月，由朱大典率领关宁精兵救援莱州。孔有德大败，逃往登州。朱大典乘胜进攻，登州城破，李九成战死，李应元被杀，毛承禄被擒，孔有德、耿仲明率军渡海投奔皇太极。

原本是救援辽东的援军，结果变成明朝的心腹大患，反而需要调集辽东的精兵前来平叛。吴桥兵变的演变，让明政权的腐朽显露无遗。