关于李莲英之死，野史语焉不详，以“病故”，“及死去”言之。1908年10月，慈禧太后去世，据《李氏家谱》载：“百日孝满，出宫养老。”李莲英搬进北京棉花胡同家中，整日吃斋念佛，闭门不出。3年后，李莲英去世。据李家后人之说，李莲英是病死的，病因是痢疾不治，得病后三四天即殁。但是，清史档案和墓志铭，则用了一个“殒”字，模棱两可。直到近几十年，才峰回路转，引出大段公案。

事情的起因，则是1966年初夏，原北京“六一”学校的赵广智等老师，在革命造反派的监督之下，挖开了原清朝恩济庄太监坟地（恩济庄太监坟地之名为雍正所赐，当年皇帝曾拨银万两修建，据说该坟地所埋太监共有2700余人）中的李莲英墓。令人吃惊的是，李莲英棺椁里，只有一颗骷髅头，却不见尸骨。李莲英的躯干在哪里呢？他又为什么会身首异处？关于这一段往事，中央电视台《探索发现》节目曾有上下两集的片子，予以记述。

总之，只有头骨而没有尸身的李莲英，不可能是病死的。唯一的原因，他可能死于“他杀”。民间传说，也有大量李莲英被杀的说法。1985年，学者佟洵女士发表《李莲英死因之谜》，1990年，北京文史研究馆研究员颜仪民在《纵横》杂志发表《李莲英身首异处之谜》，从而引发学界争论。

李莲英究竟为何人所杀，概括起来有三种说法。

一是为革命党人所杀。盖因他在慈禧太后和光绪皇帝的争斗之中，支持太后，而打击帝党，甚至有人认为正是他下手毒死了光绪皇帝。但是，也有学者反对，认为李莲英并没有参与朝廷内的党派之争，他也不可能得罪革命党人。关键之点，他临死之时，早已出宫3年，对于政事没有影响，杀他没任何意义。

二是为江朝宗和小德张所杀。此说法，主要是颜仪民先生的观点。他甚至在文章中，引用了江朝宗儿子提供的“细节”，说时任九门提督的江朝宗请李莲英吃饭，然后派人杀其于北京后海。支持该观点的人认为，江朝宗是袁世凯的亲信，小德张则是李莲英的后任，两个人出于不同的目的杀了李莲英。但有人反对此说。

有学者考据说，江朝宗宣统二年(1910年)正在陕西汉中镇总兵任上，直到1912年（民国二年）才回北京担任北洋政府北京卫戍司令，怎么可能请李莲英吃饭并设局杀之呢？同时，也有人认为，小德张同李莲英，并没有共过事，两人没有利害冲突，杀人动机不存在。

还有人称，李莲英出宫隐居之后，也是要出门的，比如，他对慈禧太后，总是感恩戴德，每年都要去东陵拜谒慈禧陵寝，结果在半路被人杀死。他的首级，被人扔到了北京李莲英家的门口。

从这些传说和观点中，大致可以理出下列头绪。一、李莲英死于他杀，是事实，病死之说，仅仅是其家人说法，不足信。二、李莲英死于仇敌。尽管李莲英圆滑机警，却仍有大量仇家。“权倾朝右”之人，肯定是踩着别人的尸体向上爬的。仇家可以是革命党人，也可以是宫中同道，亦可以是袁世凯授意之人。其实，最有可能杀他的人，则是光绪皇帝的弟弟醇亲王载沣，其时任监国摄政，权倾一时，他杀人的动机也是有的，因为有人说正是李莲英下手毒死了光绪皇帝，报哥哥被杀之仇，顺理成章。至于悍匪劫杀之说，则有点牵强。三、李莲英被杀地点，并无确切之说。因此，极有可能是杀人者扔还了李莲英的首级。李家之人，找不到尸体，只好将其脑袋壳下葬了。

李莲英生前荣华富贵，死后也得以厚葬，其墓前也有“大中至正巩固千秋”的对联，有“饰终之典等于元勋”的碑文，但是，他的头骨被挖出来后，曾被学生当足球踢，最后被扔进了学校茅房的粪坑……直到有一天晚上，那个亲手挖开李莲英墓的人，北京“六一”学校老师赵广智先生拿了一个粪勺，把那颗头颅捞了出来，埋到了一个山坡下，从此无人知晓。（摘自《扒着门缝看历史》）