西班牙人也利用类似的方法来控制马尼拉拥有多元文化和族裔背景的居民。那不勒斯作为欧洲城市，在文化上与西班牙有共通性，较为容易统治，但是菲律宾与欧洲传统全然不同。这里有亚洲人自己开创的传统，中国商人和日本商人有各自的聚集区域，本地人又分为许多种族群，以巴朗盖作为基本组织单位相互竞争。作为多元文化碰撞的亚洲枢纽，这里对于外来的征服者而言并不容易统治。再加上在亚洲，欧洲殖民地一般都是缩在有城墙的内城中，与当地人隔离开来，这种居住模式也限制了欧洲人对当地人的整体同化。在菲律宾南部，还有苏禄王国的穆斯林对西班牙殖民者充满敌视和排斥，他们通过争取本地人的民心同西班牙殖民者竞争，这些都增加了西班牙统治的困难。在无法使用公共空间进行规训时，他们只能求助于教会，由教会通过城市分区进行基督教化。宗教改革时期，耶稣会在欧洲各地活动，尤其在城市中确立了自己的地位，在罗马、布拉格、安特卫普等大城市的中世纪街区中建造了宏伟宽敞的新式教堂。在同时期的其他大洲，罗马天主教致力于增加在欧洲北部失去的教区，主要修会也涌入殖民地城市活动，成为改造当地原有文化的重要力量。1573年，由于耶稣会和方济各会的活动，就已有菲律宾本地人的改宗。1579年，菲利普二世在马尼拉建造了第一个主教区，虽然此前已有奥斯定会进入，但由多明我会会士多明各·萨拉扎尔（ de ）担任第一任主教，隶属于墨西哥大主教。此后在其他地方也设立了一些主教区，马尼拉升格为大主教区，建有大教堂。在对当地人的传教中，修会起到了补充政府统治的效果，与当地人的交流更多，甚至进入村社当中建立修道院，并有王室政府的资助。许多当地村社也被改造成以教堂为中心的城镇。到16世纪80年代末，马尼拉城中有80名西班牙人，除了大教堂和主教宫的数十名教士，奥斯定会修道院有七八位修士和众多其他预备神职人员，并有几处房产；方济各会修道院有4位修士和近20位其他神职人员；耶稣会则共有5位神职人员。这些修士全部来自西班牙或那不勒斯，其目标是协助帝国的统治。由此也可见帝国内部人员所具有的流动性。