人类与妖兽的战争已进行了数千年。人类成立了特警队来对付妖兽。在长期的斗争中，妖兽也分为两派，一派融入人类社会，控制人类经济命脉，但也谋求与人类的和平相处;另一派则试图消灭人类妖怪都市，独霸世界。

阿龙和阿强都是特警队加山队长的得力干将，两人出生入死立下了不少功劳，但境遇却截然不同。阿龙深受特警队长器重，而阿强却因为母亲是妖兽的原因而遗传了妖兽的基因。特警队的行动计划每每外泄，加山队长怀疑的对象自然是阿强。

市面上出现了一种叫"快乐"的毒药，能让人精力大增后消失。加山队长计划捉拿名义上是大集团董事长，实际却是妖兽的元大宗。阿龙在三年前曾与美女幻姬展开一段恋情，无奈人鬼殊途妖怪都市，幻姬的妖兽身份让阿龙不得不放弃而远走东京。此次回到香港的阿龙却发现幻姬已成为元大宗的情妇。

元大宗向往和平，但他的儿子鬼众道却是个激进分子，一直想挑起妖兽与人类之间战争。特警队终于捉住了元大宗，但鬼众道和特警队的内鬼却私下完成了交易。阿强遭停职，却一直帮着阿龙完成任务。而阿龙却仍旧处于情与理的煎熬之中无法自拔。

鬼众道在最高的建筑物之上发动强大的妖闭空间以图让时间迅速逆转，使人类回到原始社会。阿强关掉了磁力场救出元大宗，并和阿龙一道去阻止鬼众道的计划。一场正义与邪恶之间的人兽大战一触即发 。