题主的问题好长，点有些多，一点点的来写吧，略作回答，也欢迎其他人继续补充，因为前一段时间我也是对国家部委机构职能颇为好奇。

1.首先第一个问题，中国的博物馆到底归谁管：

这个中国的博物馆范围略大，得根据不同情况区别而言。根据2015年国务院《博物馆条例》：

第二条本条例所称博物馆，是指以教育、研究和欣赏为目的，收藏、保护并向公众展示人类活动和自然环境的见证物，经登记管理机关依法登记的非营利组织。

博物馆包括国有博物馆和非国有博物馆。利用或者主要利用国有资产设立的博物馆为国有博物馆；利用或者主要利用非国有资产设立的博物馆为非国有博物馆。

国家在博物馆的设立条件、提供社会服务、规范管理、专业技术职称评定、财税扶持政策等方面，公平对待国有和非国有博物馆。

第七条国家文物主管部门负责全国博物馆监督管理工作。国务院其他有关部门在各自职责范围内负责有关的博物馆管理工作。

县级以上地方人民政府文物主管部门负责本行政区域的博物馆监督管理工作。县级以上地方人民政府其他有关部门在各自职责范围内负责本行政区域内有关的博物馆管理工作。

因此如果从行政职能角度来说的话，中国的大多数省市级博物馆归同级文物主管部门管，例如各省的文物局。总体来说就是国家文物局和地方各文物局。

2.文化部和国家文物局之间的关系

为了说明这个问题，就要先看国家文物局属于一个什么样的性质。

国家文物局属于部委管理的局，在级别上相当于副部级。

国务院直属机构

里，称为总局或总署的都是正部级，称为局的是副部级。（下面是在知道上看到的一个回答，此处借用）例如：

国家税务总局 是正部级 （其他的如：国家体育总局，中国民用航空总局，海关总署）
国家旅游局   是副部级 （其他的如：国家林业局，国家统计局，国家知识产权局）
国务院直属机构和国务院各部位属于平行单位。国家旅游局属于国务院直属机构，局长的行政级别是副部级。而国家文物局是国务院下边的一个国家局，由文化部来管理。也属于副部级别。所以他俩的行政级别都是一样的，但是国务院直属局比部委局高级。（言简意赅，说明的很清楚了）

《

国务院行政机构设置和编制管理条例

》第六条规定，“国务院行政机构根据职能分为国务院办公厅、国务院组成部门、

国务院直属机构

、

国务院办事机构

、国务院组成部门管理的国家行政机构和

国务院议事协调机构

”，“国务院组成部门管理的国家行政机构由国务院组成部门管理，主管特定业务，行使行政管理职能。”

PS：具体参考下图：

3.部委管理的局与部委之间的关系

在这一点上能够看到的早一点的公文国家文物局级别，有比较明确的规定。

国务院关于部委管理的国家局与主管部委关系问题的通知

（国发〔１９９８〕１２号１９９８年４月２９日）

各省、自治区、直辖市人民政府，国务院各部委、各直属机构：

《国务院关于部委管理的国家局设置的通知》（国发〔１９９８〕６号），明确了部委管理的国家局（以下简称国家局）设置。为了使国家局与主管部委之间协调运转，经过１９９３年机构改革以后的实践并根据这次机构改革的精神，经国务院第一次全体会议审议通过，对国家局与主管部委的关系作了一些调整。现通知如下：

一、国家局是负责国家某方面工作的行政管理机关，具有相对的独立性。主管部委主要通过部长（主任）或部长（主任）召开会议的形式，对国家局工作中的重大方针政策、工作部署等事项实施管理，由主管部委部长（主任）对国务院负责。

二、国家局原则上不直接向国务院请示工作。国家局在工作中有需要请示国务院的事项，应由主管部委向国务院呈文；遇有紧急情况，国家局需直接向国务院请示时，应同时报告主管部委。

三、国家局可以根据法律和国务院的行政法规、决定、命令，在权限内拟定部门规章、指示、命令，经主管部委审议通过后，由主管部委或主管部委授权国家局对外发布。国家局使用带国徽的印章，印章规格按国务院办公厅规定办理。

四、国务院下发的有关文件、电报直接发给国家局，国务院召开的有关会议通知国家局参加。

五、国家局正、副局长的任免，按照有关干部管理权限的规定办理；国家局内设司的司长职务的任免，由国家局审批，报主管部委和中组部备案；其他人事工作由国家局管理。国家局机关党的工作国家文物局级别，由主管部委机关党委统一管理。

六、国家局的外事工作，按照国家有关外事管理的规定办理，原有的外事经费渠道和外事审批权不变。除重大外事活动需经主管部委批准外，国家局可直接开展对外合作交流。

国家局的副部级以上人员出访，由主管部委报国务院审批；其他人员出访，按有关规定办理。

七、国家局原有的资金、财政、物资和机关行政经费渠道，原则上不变。

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以上文件说明比较详细。而且从现任国家文物局局长刘玉珠的任职状况也可以看出，刘玉珠，2009年02月，文化部文化产业司司长；2014年04月，文化部党组成员，部长助理兼文化产业司司长；2014年09月，文化部党组成员、部长助理；2015年10月，文化部党组成员，国家文物局党组书记、局长。从职位也可以看出文化部和文物局之间的工作是有交叉的。

4.中国国家博物馆、中国美术馆、故宫博物院属于文化部的直属单位。

文化部的直属单位是个什么情况呢？

直属事业单位是直接隶属于核心政府部门，不具有独立法人地位与财务权、人事管理权的单位，直属事业单位所有从业者的待遇均比照公务员。这类事业单位不应考虑经济收入，其活动经费来自财政预算拨款。比如，目前大量的各级政府的政策研究室，如果主要是为政府决策服务，就可以成为直属事业单位。“而大量的学校、医院则适合成为独立的事业单位，有些可以实行理事会管理制度。”这类事业单位，拥有独立的法人制度、独立的核算权力与人事权力，单位像企业一样由等同于董事会的理事会来监督管理。“独立事业单位可以创收，但必须遵循严格的会计、审计和报告制度。”

所以说以上三家中国重量级的博物馆的财政权、人事管理权归文化部所有。

5.文件上的并列署名大多数时候不会太讲究级别和排行先后的，只要是部委或者部委管理、直属的局都会和其他的一起写在文件上。