李克用大规模征调蕃汉两族的军队向南开进，同时向唐昭宗上表，声称王行瑜、李茂贞和韩建胆敢进犯京师，残杀大臣，请求讨伐他们。李克用又向王行瑜、李茂贞、韩建三位节度使发去征讨的檄文，王行瑜等人收到后大为恐惧。李克用的军队到达绛州后，绛州刺史王瑶关闭城门抵抗。李克用十天之内就将绛州城攻克，度在军营的大门前将王瑶处死，同时被处死的还有城内敢于抵抗的一千多人。秋七月丙辰朔(初一)，李克用到达河中，王珂出城在路上迎接。

匡国节度使王行约在朝邑吃了败仗，于是放弃了同州。己未(初四)，王行约逃到京师长安。王行约的弟弟王行实当时担任京师左军指挥使，他率领手下兵马和王行约一起在长安西市大肆抢掠。王行实向唐昭宗上表称同州和华州已经沦陷，李克用的沙陀军马上就要到了，请皇帝的车驾到邠州去避难。庚申(初五)，枢密使骆全上表奏请皇帝出巡凤翔。唐昭宗说：“朕收到了李克用的表章，他仍在河中驻扎。即使是沙陀人到了京城，朕也有办法应付他，你们只要各自安抚管理好自己的军队，不要让他们出现骚乱就行了。（朕得克用表，尚驻军河中。就使沙陀至此，朕自有以枝梧，卿等但各抚本军，勿令摇动。）”

右军指挥使李继鹏是李茂贞的养子，原名叫阎珪，他和骆全瓘阴谋策划把唐昭宗劫持到凤翔去。后来中尉刘景宣和王行实得知了消息，他们则想把唐昭宗劫持到邠州去。孔纬当面训斥刘景宣，说皇帝不能随随便便离开长安城。傍晚时，李继鹏接连上奏请昭宗去凤翔，王行约见李继鹏要抢先劫走昭宗，便先带领他的左军攻打李继鹏的右军，于是城内锣鼓喧闹声惊天动地。唐昭宗听见外面的混乱声，便登上承天楼，想下谕令制止他们，捧日都头李筠带领自己的军队在承天楼前护卫昭宗。李继鹏指挥凤翔军队攻打李筠，飞箭掠过昭宗的衣服，落在承天楼的椽木上，左右侍卫赶紧把昭宗皇帝搀扶下楼。李继鹏又放火焚烧宫门，浓烟烈炎遮天蔽日。当时有盐州六都军队驻扎在京师，平时左、右两军都很惧怕他们，昭宗便紧急召令这支军队入宫护卫。盐州六都的军队到达后，左、右两军队都各自撤走，分别返回邠州和凤翔。这时长安城内十分混乱，抢劫掠夺此起彼伏，唐昭宗与诸王及亲近官员都到李筠的营中避难，神策军护跸都头李居实率领人马随后也赶到。

有传言说王行瑜和李茂贞要亲自来长安城迎接皇帝，唐昭宗担心受他们逼迫，于中命李筠、李居实的两都军队护卫，从长安城南的启夏门逃走，急速奔往南山，当晚留宿在莎城镇。一开始跟着昭宗车驾出长安城避难的百姓有几十万之多，等到抵达南山的谷口时，因中暑而死的人竟有三分之一。夜里，流亡的百姓又遭受盗贼的抢掠，哭喊声震动山谷。当时朝廷百官大多没有来得及跟上昭宗，只有户部尚书、判度支及盐铁转运使薛王李知柔率先赶到，昭宗便命他暂时掌管中书省事务并兼任置顿使。

壬戌(初七)，李克用进入同州。崔昭纬、徐彦若、王抟到达莎城。甲子(初九)，唐昭宗到达石门镇，他诏令薛王李知柔和主管枢密院的刘光裕返回京城，守卫皇宫。丙寅(十一日)，李克用派节度判官王瑰奉表文问候昭宗。丁卯(十二日)，昭宗派内侍郗廷昱带着诏令赴李克用的军营，命李克用和王珂分别派一万骑兵赶往新平郡讨伐王行瑜，又下诏命彰义节度使张鐇率泾原军防控凤翔的李茂贞。

李克用派军进攻华州城，韩建登上城楼喊道：“我对李公不曾失礼，为什么要攻打我?（仆于李公未尝失礼，何为见攻?）”李克用派人对他说：“你是大唐的臣子，却逼迫驱逐皇帝，你这样如果还算有礼，那么天下还有谁是无礼呢?（公为人臣，逼逐天子，公为有礼，孰为无礼者乎!）”恰巧这时郗廷昱也赶到了，他对李克用说李茂贞率领三万军队已到，王行瑜的军队也到达兴平，他们都想控制唐昭宗的车驾。李克用于是解除了对华州的围困，把军队开赴渭桥安营扎寨。

昭宗任命薛王李知柔为清海节度使、同平章事，仍然暂任京兆尹、判度支，并充任盐铁转运使，让他等待平乱反正后再前赴岭南镇所。

昭宗在南山待了十几天，跟随唐昭宗车驾的士人百姓每天提心掉胆，一有风吹草动就都惊慌失措地叫道：“邠州、岐州的军队到了!（邠、岐兵至矣!）”昭宗派延王李戒丕赴河中，催促李克用赶紧进军勤王。壬午(二十七日)，李克用的军队从河中出发，唐昭宗又派供奉官张承业前往李克用的军营。张承业是同州人，他曾多次奉唐昭宗的谕令出使李克用，昭宗顺便命他留在李克用军中，监视李克用的行动。己丑(八月初五)，李克用命令军队向渭桥开进，他派属下将领李存贞为前锋;辛卯(初七)，李克用攻克永寿后，又派史俨率三千骑兵前赴石门护卫唐昭宗。癸巳(初九)，李克用派李存信、李存审会同保大节度使李思孝攻打在梨园寨的王行瑜，擒获王行瑜的部将王令陶等人，将他们送到昭宗皇帝那里。李思孝本姓拓跋，是拓跋思恭的弟弟。李茂贞兵败十分害怕，他杀了李继鹏，把他的脑袋送到昭宗皇帝的住处，同时向朝廷进呈表章请罪，又派使者向李克用求和。昭宗再次派遣延王李戒丕、丹王李允传谕李克用，命他暂且赦免李茂贞，全力讨伐王行瑜，等到把王行瑜消灭了，朝廷会再与李克用商议如何处置李茂贞。昭宗命延王李戒丕、丹王李允以对兄长的礼节对待李克用。

戊戌(十四日)，朝廷下令革除王行瑜的所有官职和爵位。癸卯(十九日)，朝廷任命李克用为邠宁四面行营都招讨使，保大节度使李思孝为北面招讨使，定难节度使李思谏为东面招讨使，彰义节度使张鐇为西面招讨使。李克用把他的儿子李存勖派到昭宗皇帝驻地，李存勖当时年仅十一岁，昭宗一看见李存勖就对他的外貌称奇不已。昭宗抚摸着他说：“你是国家的栋梁之才，将来要对我家尽忠效力啊。（儿方为国之栋梁，他日宜尽忠于吾家。）”李克用上表请昭宗返回京师长安，昭宗命李克用派三千骑兵驻扎三桥作为防备。辛亥(二十七日)，昭宗的车驾返回京师。