石井想要在太平洋冲突后的1944年5月使用化学武器，但是他的企图由于计划不周和联盟国的干涉而多次被挫败。当战争会很快结束的形势变得明朗时，石井下令摧毁那些设备设施，并告诉他的部下“把秘密带进坟墓”。他的日本军队在战争的最后的日子里集合起来销毁他们进行人体试验的证据，包括毒杀400名在押的“马路大”并焚烧；还故意地放出所有感染瘟疫的动物。

   　　美国相信这些研究数据是具有相当高的价值，因为联盟国从未进行过这种类型的人体试验。同时，美国不希望任何其他国，特别是苏联得到这些数据用于研究生物武器。因此，作为获得这些数据的交换，美国不以战争罪起诉731部队的军官。 　　1949年12月，伯力城（哈巴罗夫斯克）战犯审判法庭对731部队的战犯进行了审判。

   　　许多前731部队的成员都加入了日本医疗组织。Dr Katano Masaji领导了 日本最大的制药公司，绿十字。其他成员或领导医学院校，或为日本厚生省工作。