1851年1月11日，太平军在金田起义。23日，洪秀全在武宣东乡“登极”称天王。冯云山被封为前导副军师，领后军主将。9月，太平军攻克永安。洪秀全在这里健全了领导体制，分封了诸王。冯云山被封为南王七千岁。

冯云山为创建拜上帝教并把它引向伟大的革命斗争洪流中，立下了不朽的功勋，杨秀清、萧朝贵、秦日纲等显要人物也都是他一手培养起来的，他的地位应该就是仅次于洪秀全。

  然而，这位功绩最为显赫的冯云山在永安封王中退居第四位呢？这是冯云山为了照顾大局，维护团结，在共同拥戴洪秀全为最高领袖的前提下，谦让而居第四的。再者，当一天和尚撞一天钟849年7月，冯云山和洪秀全重返紫荆山时，不得不承认杨秀清、萧朝贵代天父、天兄传言既成事实，这也是在极为复杂的历史演变形势面前，冯云山所作出的重要抉择。

冯云山不仅是拜上帝教的奠基者，而且在太平天国起义的斗争中，协助洪秀全、杨秀清指挥战斗。他亲临前线，出生入死，充分显示了他“善于用兵”的军事才能。这一点连敌人也不得不承认冯云山具有多方面的贡献。谢介鹤在《金陵甲癸纪事略》中曾称冯云山为“奇才”，太平天国初期的文书上谕“悉出主裁”，初期的革命文书《太平军目》、《太平礼制》、《天父诏书》皆出其手。

  太平天国革命文献《醒世文》说他：“南翼军师为辅佐，前导开国扶圣君，克取省郡如反掌，开疆拓土功劳深。”

1852年4月，太平军从永安突围。6月3日攻克全州。在全州战役中，南王冯云山不幸中炮负伤。不久，死于蓑衣渡。