一直以来黑衣组织与警方都处在势不两立的关系上，他们一个是从事违法犯罪的神秘组织，一个是维护社会正义的使者，本质上就有很大的不同。随着剧情的发展，黑衣组织的面貌越来越清晰，但其实从他们的内部力量来看是非常强势的，毕竟他们可以随意佩戴枪支，并且还有这APTX4869这样的毒药，这两者结合到一起是非常可怕的，那么既然如此，他们为什么要惧怕柯南？

黑衣组织最大的问题不在于实力，而是在于凝聚力，他们的内部非常混乱，是一个不团结的集体。人员的目的和行动都不能达到一致，不能够集中一个目标。而柯南这边的红方成员有着共同的目标和信仰，而且成员里没有内讧。而且从柯南现有的人脉来看，他身后同样有一方强大的力量在支撑他，首当其冲的就是从黑衣组织逃离出来的灰原哀，只要有了她，那么药物的能力将会慢慢的不攻自破。

同时黑衣组织当中如今有很多来自红方的卧底，例如赤井秀一和安室透，只靠这两个人就可以在黑衣组织内部掀起一阵波澜，并且贝尔摩德现在已经倒戈向了柯南，无形当中为歼灭黑衣组织这件事推波助澜，在未来，贝尔摩德或许可以成为攻破黑衣组织的关键人物，光凭这点，现在的红方就足以和黑衣组织抗衡。

但就算红方的成员阵容再强势，黑衣组织毕竟也是跨国的犯罪集团，成员的关系网非常庞大，跨越了很多领域，并且有着很长的发展历史，断然不会惧怕一个身高不到量尺的小学生。那么我们大胆猜测一下，这背后或许有更加复杂的原因，那就是幕后的大BOSS，或许另有其人。

这就要提到推理出黑衣组织大BOSS的工藤优作了。工藤优作绝非等闲之辈，当初在新一变成柯南的时候，完全没有去理会和恐惧黑衣组织，而是悠悠闲闲的把自己的儿子送到毛利家，带着老婆去度假了，完全是一个开放的态度。其次就是他推理出了背后的打BOSS是乌丸莲耶这件事，乌丸莲耶的存在有很多的不合理性，甚至是一个本不应该存在的人。

所以我猜测，工藤优作或许和黑衣组织有着不可告人的关系，并且还与黑衣组织的利益网紧密相关。柯南作为工藤优作的儿子，黑衣组织自然会对他有所忌惮，唯恐牵一发而动全身。所以工藤优作才能在新一变成柯南之后，对柯南处境如此放心，因为他有把握，柯南不会受到黑衣组织的迫害。