默克索引（MerckIndex）是由美国默克公司出版的记录化学药品、药物和生理性物质的综合性百科全书，收录超过一万多的条有关个别的物质和其相关组别化合物的专题文章。本书亦于附录中收录有关有机化学的人名反应。默克索引亦设有订阅的电子检索形式，普遍被参考图书馆所采纳，以及在网上查阅的形式。

默克索引于1889年首次出版，至2006年已发行至14版。

默克索引的专题文章函盖范围包括：

CAS号

物质的别名，例如俗名或IUPAC命名法

化学式

分子量

成份分析

结构式

对物质的外貌描述

熔点和沸点

在实验室常用溶剂之溶解性

根据物质的化学合成引述相关的文献和资料

在合适的情况下加入相关的医学用途。